Kido sinh ra ở Hagi, phiên Chōshū (ngày nay là tỉnh Yamaguchi) là con trai út của Wada Masakage (和田 昌景) (Hòa Điền Xương Cảnh), một bác sĩ samurai. Ông được gia đình Katsura nhận nuôi năm lên 7 tuổi, và cho đến năm 1865 vẫn được gọi là Katsura Kogorō (桂小 五郎) (Quế Tiểu Ngũ Lang). Ông được học tập tại học viện của Yoshida Shōin, từ đây ông tiếp nhận nền triết học trung thành với Hoàng gia.

Năm 1852, ông đến Edo để học kiếm thuật, lập mối quan hệ thân thiết với các samurai cấp tiến từ phiên Mito, học kỹ thuật pháo binh từ Egawa Tarōzaemon, và (sau khi quan sát việc đóng các con tàu nước ngoài tại Nagasaki và Shimoda), trở về Chōshū để giám sát việc đóng mới tàu chiến kiểu Tây đầu tiên của phiên mình.